各银行规定，跨行转账要收取一定的转账手续费。通过柜台和ATM机进行跨行转账，一般会收取最低2元，最高50元的手续费。ATM机每日转账会有限额，限额一般为5万元。注意不同银行对跨行转账手续费的规定不同，所以实际的跨行转账手续费要以银行的规定为准。
现在比较流行的跨行转账方式有网上银行跨行转账和手机银行跨行转账。网上银行跨行转账和手机银行跨行转账的特点是转账手续费较低，且到账速度较快，另外在一些条件下还能免手续费。
一般网上银行跨行转账5000元以下免手续费，5000元以上收取一定的跨行转账手续费，网上银行单日单笔限额50万元，单日累计限额50万元。另外，手机银行跨行转账是免手续费的，但是手机银行跨行转账也是有限额的，单日单笔最高10万元，单日累计最高10万元。
不同金额的转账到账时间也会有所差异。如果跨行转账的金额在2万元以下且系统转账成功，钱款24小时之内到账。如果跨行转账的金额大于2万元，钱款会在次日到账。