一、申请主体不同。公积金贷款的申请主体是开户缴存住房公积金，并具有完全民事行为能力的自然人。商业贷款的申请主体是年满18周岁，并具有完全民事行为能力的自然人。
二、贷款审批机构不同。公积金贷款的审批机构为当地住房公积金服务中心，而商业贷款的审批机构为当地商业银行。
三、办理条件不同。公积金贷款应具备以下条件：
1、连续足额正常缴存住房公积金6个月（含）以上或提取住房公积金后，又连续缴存6个月（含）以上。
2、在当地区域购买、建造、翻建、大修普通自住住房，并具备有关手续、文件和已交付规定比例的自筹资金。
3、具有稳定的收入，信用良好，具备偿还贷款本息的能力。
4、符合贷款条件的缴存职工、家庭最多可以申请使用两次公积金贷款。第二次申请使用公积金贷款，必须先结清首次公积金贷款。
商业贷款应具备以下条件：
1、具有商品房销（预）售合同或购房意向书。
2、具有支付所购房屋首付的能力。
3、能够提供贷款银行认可的担保方式和合同。
4、符合贷款银行的其他条件。